COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 22.719496 19.373207 19.127284
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 19.192943
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 19.137625
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 18.993247
2021-03-08 17:00:00 23.345480 19.331907 18.984890
2021-03-07 17:00:00 19.084250 19.084250 18.857934
2021-03-06 17:00:00 19.662164 19.662164 18.733296

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 16.486114
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.715023
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.982254
2021-03-09 17:00:00 10.042965 10.042965 16.794447
2021-03-08 17:00:00 11.736887 11.736887 15.823368
2021-03-07 17:00:00 15.472860 15.472860 15.646883
2021-03-06 17:00:00 19.820628 19.820628 15.351713

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 15.769214
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 15.872221
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 15.914150
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 15.859413
2021-03-08 17:00:00 12.962963 15.363881 15.435668
2021-03-07 17:00:00 16.161616 16.161616 15.175040
2021-03-06 17:00:00 16.542751 16.542751 14.963668

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 9.354208
2021-03-11 17:00:00 12.861137 10.164191 9.294974
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 9.238094
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 9.037156
2021-03-08 17:00:00 8.113036 3.598140 8.873346
2021-03-07 17:00:00 10.439560 10.439560 8.817567
2021-03-06 17:00:00 10.900298 10.900298 8.723359

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 18.579206
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 18.382022
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 18.136066
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 18.039689
2021-03-08 17:00:00 25.480471 17.766346 17.990557
2021-03-07 17:00:00 15.184768 15.184768 17.746460
2021-03-06 17:00:00 19.325675 19.325675 17.533863

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 45.635910 45.635910 40.144857
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 39.451643
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 39.000477
2021-03-09 17:00:00 43.075013 43.075013 38.678127
2021-03-08 17:00:00 61.473554 41.256906 38.334266
2021-03-07 17:00:00 38.498362 38.498362 37.959274
2021-03-06 17:00:00 43.122081 43.122081 37.494087

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.673639
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.465601
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.317862
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 20.944055
2021-03-08 17:00:00 24.599881 24.599881 20.752090
2021-03-07 17:00:00 20.601238 20.601238 20.514031
2021-03-06 17:00:00 20.288521 20.288521 20.255997

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.178506
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.222424
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.219143
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.155321
2021-03-08 17:00:00 13.821903 5.631305 7.061519
2021-03-07 17:00:00 7.087133 7.087133 7.020351
2021-03-06 17:00:00 6.583825 6.583825 6.988770

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 11.974625
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.081939
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.131160
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 12.169816
2021-03-08 17:00:00 17.282958 8.010432 12.262444
2021-03-07 17:00:00 14.253898 14.253898 12.194279
2021-03-06 17:00:00 11.034483 11.034483 12.259792

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 36.108548
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 35.748976
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 35.447663
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 35.350655
2021-03-08 17:00:00 28.340929 55.499446 35.019042
2021-03-07 17:00:00 31.827723 31.827723 34.475035
2021-03-06 17:00:00 34.703140 34.703140 34.051639

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 21.322279
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 21.407631
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 21.069627
2021-03-09 17:00:00 10.620136 21.390911 20.265283
2021-03-08 17:00:00 20.173410 20.312876 20.119637
2021-03-07 17:00:00 24.433611 24.433611 19.968246
2021-03-06 17:00:00 19.078047 19.078047 19.383635

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 9.581019
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 9.513682
2021-03-10 17:00:00 6.762468 10.315925 9.487969
2021-03-09 17:00:00 5.442177 5.442177 9.319271
2021-03-08 17:00:00 8.215962 8.215962 9.428702
2021-03-07 17:00:00 7.985697 7.985697 9.712243
2021-03-06 17:00:00 7.424242 7.424242 9.724544

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 66.384346
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 65.887424
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 66.419617
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 67.932708
2021-03-08 17:00:00 61.538462 145.454545 68.279078
2021-03-07 17:00:00 34.932821 34.932821 67.730074
2021-03-06 17:00:00 203.738318 203.738318 68.334371

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 54.940149
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 54.819178
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 54.375415
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 53.845612
2021-03-08 17:00:00 34.728033 34.728033 54.707408
2021-03-07 17:00:00 56.468172 56.468172 55.548083
2021-03-06 17:00:00 53.731343 53.731343 56.101409

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 28.531073 19.988311 20.111366
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.817595
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.909899
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 20.809192
2021-03-08 17:00:00 28.173590 12.818753 21.030234
2021-03-07 17:00:00 23.400061 23.400061 21.116942
2021-03-06 17:00:00 18.832055 18.832055 21.095068

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 28.922549
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 29.233448
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 29.309629
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 28.636598
2021-03-08 17:00:00 21.146315 48.131007 28.837393
2021-03-07 17:00:00 53.946754 53.946754 28.546594
2021-03-06 17:00:00 30.495579 30.495579 28.193064

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.294704
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.279595
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 4.253519
2021-03-09 17:00:00 7.097715 4.326689 4.191133
2021-03-08 17:00:00 7.142857 3.304179 4.149443
2021-03-07 17:00:00 4.752376 4.752376 4.104382
2021-03-06 17:00:00 3.965236 3.965236 4.066353

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.078622
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 13.011193
2021-03-10 17:00:00 13.587488 13.587488 12.858146
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.775408
2021-03-08 17:00:00 12.055243 12.055243 12.566050
2021-03-07 17:00:00 12.814238 12.814238 12.325176
2021-03-06 17:00:00 12.827736 12.827736 12.107584

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.197389
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.135785
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 10.034293
2021-03-09 17:00:00 8.704348 10.773913 9.954946
2021-03-08 17:00:00 13.015749 9.703779 9.800839
2021-03-07 17:00:00 10.085597 10.085597 9.719822
2021-03-06 17:00:00 10.021702 10.021702 9.619758

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 26.266060
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 26.597627
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 26.726021
2021-03-09 17:00:00 19.446773 23.721710 27.459513
2021-03-08 17:00:00 33.600000 29.008439 27.821581
2021-03-07 17:00:00 27.657143 27.657143 27.934627
2021-03-06 17:00:00 27.717924 27.717924 28.064649

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 10.821280
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 10.560082
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 10.079507
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 9.738765
2021-03-08 17:00:00 55.555556 55.555556 9.448321
2021-03-07 17:00:00 2.491103 2.491103 9.025162
2021-03-06 17:00:00 4.776119 4.776119 8.678156

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-12 17:00:00 34.810811 27.927928 32.393708
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 32.747514
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 32.944885
2021-03-09 17:00:00 28.832706 28.832706 32.958764
2021-03-08 17:00:00 32.827407 64.874241 32.436659
2021-03-07 17:00:00 33.252165 33.252165 32.284750
2021-03-06 17:00:00 28.400074 28.400074 32.146940

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 27.379054 27.379054 16.486114
Basilicata 15.807175 15.807175 15.769214
Calabria 11.923378 11.923378 9.354208
Campania 23.473011 23.473011 18.579206
Emilia-Romagna 45.635910 45.635910 40.144857
Friuli Venezia Giulia 20.450716 20.450716 21.673639
Lazio 7.985638 7.985638 7.178506
Liguria 14.376771 14.376771 11.974625
Lombardia 37.836858 37.836858 36.108548
Marche 24.461237 24.461237 21.322279
Molise 8.488372 8.488372 9.581019
P.A. Bolzano 54.646840 54.646840 66.384346
P.A. Trento 68.872549 68.872549 54.940149
Piemonte 28.531073 19.988311 20.111366
Puglia 28.808055 28.808055 28.922549
Sardegna 4.535730 4.535730 4.294704
Sicilia 13.070260 13.070260 13.078622
Toscana 10.897543 10.897543 10.197389
Umbria 21.303502 21.303502 26.266060
Valle d'Aosta 23.728814 23.728814 10.821280
Veneto 34.810811 27.927928 32.393708

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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